ويجب الملاحظة أن الاستخدام المفرط للمضادات الحيوية يولد سلالات مقاومة ومتطورة من البكتيريا يصعب علاجها , ناهيك بالآثار الجانبية غير المستحبة التي تظهر في بعض الأحيان، مثل :

·التهيج الذي يصيب الجهاز الهضمي مما يسبب غثياناً معدياً أو إسهالاً نتيجة نقص قدرة الأمعاء على امتصاص بعض المواد الغذائية .

·الحساسية التي تصيب بعض الأشخاص وتكون إما خفيفة أو متوسطة وقد تصل إلى درجة الخطورة وتؤدي للموت.

·مرضى السل الذين يداومون على المضاد الحيوي لفترة طويلة يتحتم عليهم أخذ فيتامين (ب) وهو الفيتامين الذي تصنعه البكتيريا النافعة الموجودة في الأمعاء والتي تتأثر من تعاطي هذه المضادات الحيوية، ومن ثم يفقد الجسم حاجته من الفيتامين .

·التتراسيكلين , نوع من أنواع المضادات الحيوية , تعاطيه يسبب تلوّن الأسنان.

·بعض المضادات الحيوية لها تأثير متلف للكلى أو لحاسة السمع .

·العلاج الطويل بالمضادات الحيوية يؤدي إلى قتل البكتيريا الطبيعية في الجسم كتلك الموجودة في مهبل المرأة والتي تحميه من الالتهابات الفطرية.

·بعض المضادات الحيوية لها تأثير ضار على الحامل أو المرضع .