في يوم الأربعاء الموافق 1–9–1999م صدر الأمر السامي بتعيينه رئيسا عاما لرعاية الشباب خلفاً للراحل الأمير فيصل بن فهد -يرحمه الله-.




وشغل الأمير سلطان بن فهد العديد من المناصب الرياضية منذ دخوله الوسط الرياضي كان أبرزها: الرئيس العام لرعاية الشباب، ورئيس اللجنة الأوليمبية العربية السعودية، ورئيس الاتحاد العربي السعودي لكرة القدم، ورئيس الجمعية العربية السعودية لبيوت الشباب، ورئيس الاتحاد السعودي لرياضة ذوي الاحتياجات الخاصة، ورئيس اللجنة الوطنية لمكافحة المخدرات،ورئيس الاتحاد العربي للألعاب الرياضية، ورئيس الاتحاد العربي لكرة القدم، ورئيسا لاتحاد الرياضي للتضامن الإسلامي.




وكان آخر قرار يصدره الأمير سلطان بن فهد قبل إعفائه من منصبه كرئيس عام لرعاية الشباب هو رفع الإيقاف عن الاتحاد السعودي للعبه البلياردو والسنوكو بالقرار رقم 90 وتاريخ 28/12/1431هـ على خلفيات قضية مشاركة مدرب المنتخب السعودي للسنوكر الأفغاني محمد صالح محمد في دورة الألعاب الآسيوية السادسة عشر قوانزو2010م كمدرب للمنتخب السعودي ولاعب يمثل بلاده دون إشعار الاتحاد بذلك.